La cistite è una fastidiosa infiammazione (flogosi) della mucosa vescicale. Colpisce prevalentemente il sesso femminile e spesso si accompagna ad un bisogno continuo e doloroso di urinare. La cistite insorge talvolta senza sintomi o cause evidenti, altre volte è secondaria a pratiche anticoncezionali o a rapporti sessuali. L'infezione è causata da batteri che popolano l'ultimo tratto dell'intestino, fra cui in prima linea il colibacillo, o da altri. Tali germi possono raggiungere la vescica dall'esterno, passando attraverso l'uretra, o dall'interno, per propagazioni da organi vicini, o ancora per via ematica.
L'uretra femminile è più breve di quella maschile. Tale caratteristica, associata all'assenza dell'effetto battericida delle secrezioni prostastiche e ad altre peculiarità anatomiche sfavorevoli, come il sito d'apertura più facilmente raggiungibile dai microrganismi fecali, aumenta la suscettibilità femminile alla cistite. Durante l'atto minzionale si può verificare una risalita dei germi in quanto, mentre nella fase iniziale all'apertura del collo vescicale segue quella dell'uretra in senso prossimo-distale, al termine della minzione l'uretra si chiude in senso inverso, agevolando l'ingresso dei germi in vescica attraverso un reflusso uretro-vescicale. Giunti in vescica i germi possono moltiplicarsi in modo esponenziale e produrre l'infezione nota come cistite.